Ответы в WhatsApp производится точно также, как в Instagram 

Как отвечать клиентам в WhatsApp из вашего чата Битрикс24: 
Для начала нажмите "Создать Лид", что бы все диалоги с Клиентом сохранялись в его карточке 

Затем, нажимаете на кнопку "Ответить в WhatsApp" и во всплывающем окне пишете ваше сообщение и нажимаете кнопку "Отправить". Также, можно прикрепить файл. 
Данный способ ответа не работает в мобильном приложении Битрикс24 (это ограничение со стороны Битрикс, сделать с этим в данный момент ничего нельзя). 

Если вы хотите отвечать клиентам WhatsApp из мобильного приложения Битрикс24, вам нужно переключить способ ответа на старый, через "Диалог". В этом случае загрузка картинки и выбор аккаунта WhatsApp, с которого писать клиенту, недоступны.

Где настраивается: в разделе "Настройки - Исходящие каналы". Нажать Редактировать справа от вашего канала Битрикс24 (значок карандаша). Вас интересует настройка "Отвечать в чате через". Если вы хотите отвечать из мобильного приложения Битрикс24, то вам нужно её переключить в "Диалог".